Podstawowe różnice między winami ekologicznymi a konwencjonalnymi zaczynają się już na etapie uprawy winorośli. W przypadku win ekologicznych szczególną uwagę przykłada się do zachowania naturalnej równowagi w ekosystemie. Oznacza to m.in. zaprzestanie stosowania sztucznych nawozów oraz środków chemicznych do zwalczania chorób i szkodników. Zamiast tego, stosuje się naturalne metody, takie jak kompostowanie, czy zastosowanie płodozmianu, by zapobiec nadmiernemu wyczerpywaniu gleby.
Minimalizacja użycia siarki i ochrona bioróżnorodności
W procesie produkcji win minimalizuje się stosowanie siarki. Dodatek tego pierwiastka ma na celu zabezpieczenie wina przed utlenianiem oraz przed namnażaniem drobnoustrojów. Nadmierne użycie siarki może jednak prowadzić do powstawania alergii u niektórych konsumentów. Dlatego w białych i czerwonych winach z eko sklepów jej ilość jest ograniczona, a często zastępowana naturalnymi substancjami antyutleniającymi. Wina ekologiczne charakteryzuje również różnica w procesie fermentacji.
W uprawie winorośli stosowane są metody mające na celu ochronę bioróżnorodności. Tworzenie mikrobiotopów, takich jak żywopłoty czy siedliska dla dzikiej fauny i flory, przyczynia się do zachowania równowagi ekologicznej. W ten sposób naturalne drapieżniki mogą pomóc w zwalczaniu szkodników, a owady zapylające wpływają na większą wydajność upraw. Istotny jest również proces fermentacji. W przypadku tych trunków często wykorzystuje się naturalnie występujące drożdże, które znajdują się na skórce winogron. Dzięki temu wina zyskują bardziej złożony smak i aromat, który odzwierciedla charakter danego regionu.